Pigmentet karotenoid
Karotenoider är efter melaniner (som finns hos alla fåglar) det vanligaste pigmenten hos fåglar. Karotenoider varierar från blekt gul till djupt sharlakansröd. I motsats till melaniner, vilka är pigment som fåglar själv kan bilda, så kan fåglar inte bilda karotenoider. Alla karotenoider som en fågel bär har den stoppat i sig via näbben och matsmältningsapparaten. Det är alltså viktigt att fåglar får i sig tillräckligt med karotenoider. Fullgoda karotenoidfärger visar på god hälsa och vitalitet hos fågeln.
 Karotenoider ger också växter gula, orangea eller röda färger. Särskilt viktigt är betakaroten, en gul karotenoid som bidrar till att A-vitamin bildas i kroppen hos fåglar, människor och andra djur.
 God vitalitet och hälsa signaleras av fjäderdräkten och då speciellt med karotenoidbaserade färger.
   Det finns starka skäl för att fåglar skall kunna underhålla sin fjäderdräkt. Det gör fåglar i snitt drygt 9% av den dagliga tiden då de putsar, rengör och tvättar sig, avlägsnar skadliga organismer och sprider gumpsekret. Men fåglar kan med några få undantag inte förbättra färgen hos fjädrarna när den väl vuxit ut.

Strukturfärger
Till skillnad ifrån de tidigare behandlade färgerna som var pigment färger skall nu strukturfärger tas upp. Ultraviolett, lila, blå och vit färg är exempel på strukturfärger.
 För att förstå strukturfärger måste man först se hur en fjäder är konstruerad. En fjäder består av ett skaft, strålar, bistrålar och hakar. Från skaftet sticker det ut långa strålar. Från strålarna sticker det ut korta bistrålar. Bistrålarna har mycket små hakar (osynliga för ögat) som fäster i andra bistrålar så att fjädern får en slätt yta. Strålarnas yta består av ett lager keratin, ett protein som är starkt, hårt och som släpper igenom ljus. Innanför cortex finns ett svampigt, poröst, tvättsvampsliknande lager med keratin och luftfickor. I fallet med en färgad fjäder finns det ett allra innerst även ett lager svarta melaninpartiklar I fallet med en vit fjäder så saknas lagret med melaninpartiklar.
 Blå färg är resultatet av att vit ljus reflekteras för korta våglängder (blått och lila) men inte för längre som för rött, orange, gult och grönt. Ljuset med den längre våglängden kommer bli absorberas av ett lager av melanin. Därför uppfattar ögat endast det som en blå färg.
 Den blå färgen är alltså inte en egenskap hos fjädrarna som så utan av att brytningen av ljuset. Hade man lagt fjädern i en basisk lösning blir inte vätskan blå. Fjädern kommer fortfarande vara blå om man torkar den.

Andra pigment
De tre viktigaste principerna för färgsättning är pigmentet melanin, pigmentet karotenoid, och strukturfärger. Därutöver finns det färgsättning som är mycket mer begränsad och bara förekommer hos mindre grupper av fåglar. Det är bland annat gult pigment som finns hos pingviner, röda och gula som finns hos papegojor och grönt pigment som finns hos gruppen Turakor.
Normalt ändras inte en fjäders ursprungliga färg, bortsett från att den kan blekas och smutsas ner. Det finns dock möjlighet för kosmetisk färgning d.v.s. fågel färgar in fjädrarna till ett bestämt syfte. Det kan vara att fågeln själv producerar färgämnena eller hämtas fågeln den i omgivande miljön som exempelvis järnoxid.

Mjukdelar
Mjukdelar är de delar av fågeln man ser förutom själva fjäderdräkten. Det är ögon, hud och orbitalring (den bit fjäderlösa hud som sitter runt fåglars ögon) men även näbb, ben, fötter och klor. Det kan tyckas konstigt att man benämner dessa delar mjukdelar som inte är så mjuka men så är det. Mjukdelarnas färg kan inte bara skifta färg med stigande ålder utan kan till skillnad ifrån fjädrarna skifta färg beroende på årstiderna.
 Den del av ögat som vi ser och som ger ögat dess färg är iris eller regnbågshinnan, som sitter strax innanför hornhinnan och omger pupillen. Iris avskärmar infallande ljus så att det endast passerar genom pupillen. Den är en tunn hinna som på baksidan är täckt av mörkpigmenterad vävnad för att skydda näthinnan i ögats botten mot annat ljus än det som når näthinnan vi pupillen. Iris fungerar således som en skyddande gardin.

Mönster
Det kan synas att det finns oändligt med olika mönster och färger hos fåglar men det är snarare överraskande hur ofta hur mönster och teckningar går igen också hos fågelgrupper som inte är närmare släkt med varandra. Många fåglar är kamouflage tecknade och då handlar det för det mesta om att vara tecknad på ett sätt som påminner om den omgivning eller den bakgrund där fågeln befinner sig.
 Vissa fåglar har falska ögon i form av fläckar i nacken. Detta har fågeln för bland annat att lura predatorer att de ser när dessa närmar sig. På så sätt kommer predatorn avbryta attacker mot fågeln. Tvärtom kan vissa ugglor som kan ha falska nackögon för att lura bytet att vara på fel sida om ugglan.